小智一行人抵达了小光预备参加宝可梦华丽大赛的白杨镇，在那里他们认识了驾驶热气球的在地女子艾莉丝、其青梅竹马东尼欧，以及艾伯特男爵。由于艾伯特男爵认定隐居于城镇庭园中的黑暗宝可梦达克莱伊是近日来破坏城镇的元凶，并准备讨伐它。然而东尼欧的想法却不同，他侦测到在白杨镇的上方有一股异常的冲击波，而那正是传说中分别掌控时间的帝牙卢卡与空间的帕路奇犽这两大传说中的宝可梦在次元夹缝中大战所造成；而达克莱伊的攻击正是为了让它们远离这座城镇。随着两大神之宝可梦的争斗越来越激烈，终于在白杨镇的名景“时空之塔”的上方产生了空间裂缝，战场也随之转移到了白杨镇。小智他们该如何阻止这场危机？而众人对达克莱伊的误解又会如何化解？好看又刺激的一场争斗即将展开！

为了参加下一场神奇宝贝华丽大赛，小智、小光和小刚一行人来到了阿拉莫斯镇。他们在镇上遇见了一个名叫爱丽斯的漂亮女孩。爱丽斯带着大家四处游览，并参观这里的标志性建筑——时空之塔和一座美丽庭园。在这座庭园里，小智发现了可疑的影子。噩梦神奇宝贝达克莱伊出现在大家面前，攻击小智使他陷入昏迷。接着，达克莱伊再度现形于广场，用绝招让许多人和神奇宝贝陷入沉睡之中。艾伯特男爵为了捕获达克莱伊派出了突击队，却反而闹出了更大的乱子。 小智等人能否解除这个危机！？奥拉希翁究竟是什么？！